20日に行われた2016年ドラフト会議が終了した。
今ドラフト最大の目玉・田中正義（創価大）はロッテ、巨人、ソフトバンク、日本ハム、広島5球団の球団競合の末、ソフトバンクが交渉権を獲得。柳裕也（明治大）は中日とDeNAの2球団の抽選の末、中日が交渉権を得た。
また、外れ1位の再入札で佐々木千隼（桜美林大）は5球団が競合し、ロッテの山室晋也球団社長がクジを引き当てた。今井達也（作新学院高）は西武、山岡泰輔（東京ガス）はオリックスが単独指名した。
ドラフト全指名選手は以下の通り。
【ドラフト全指名選手一覧】
■ 日本ハム
1巡目 堀瑞輝（投手 / 広島新庄）
―1巡目外れ 田中正義（投手 / 創価大）
―1巡目外れ 佐々木千隼（投手 / 桜美林大）
2巡目 石井一成（内野手 / 早稲田大）
3巡目 高良一輝（投手 / 九州産業大）
4巡目 森山恵佑（外野手 / 専修大）
5巡目 高山優希（投手 / 大阪桐蔭高）
6巡目 山口裕次郎（投手 / 履正社高）
7巡目 郡 拓也（捕手 / 帝京高）
8巡目 玉井大翔（投手 / 新日鉄住金かずさマジック）
9巡目 今井順之助（内野手 / 中京高）
■ ソフトバンク
1巡目 田中正義（投手 / 創価大）
2巡目 古谷優人（投手 / 江陵高）
3巡目 九鬼隆平（捕手 / 秀岳館高）
4巡目 三森大貴（内野手 / 青森山田高）
＜育成枠＞
1巡目 大本将吾（外野手 / 帝京五高）
2巡目 長谷川宙輝（投手 / 聖徳学園高）
3巡目 田城飛翔（外野手 / 八戸学院光星高）
4巡目 森山孔介（内野手 / 藤沢翔陵高）
5巡目 清水陸哉（外野手 / 京都国際高）
6巡目 松本龍憲（内野手 / 崇徳高）
■ ロッテ
1巡目 佐々木千隼（投手 / 桜美林大）
1巡目外れ 田中正義（投手 / 創価大）
2巡目 酒居知史（投手 / 大阪ガス）
3巡目 島 孝明（投手 / 東海大市原望洋高）
4巡目 土肥星也（投手 / 大阪ガス）
5巡目 有吉優樹（投手 / 九州三菱自動車）
6巡目 種市篤暉（投手 / 八戸大一高）
7巡目 宗接唯人（捕手 / 亜細亜大）
＜育成枠＞
1巡目 安江嘉純（投手 / 石川ミリオンスターズ）
2巡目 菅原祥太（外野手 / 日本ウェルネススポーツ大）
■ 西武
1巡目 今井達也（投手 / 作新学院高）
2巡目 中塚駿太（投手 / 白鴎大）
3巡目 源田壮亮（内野手 / トヨタ自動車）
4巡目 鈴木将平（外野手 / 静岡高）
5巡目 平井克典（投手 / Honda鈴鹿）
6巡目 田村伊知郎（投手 / 立教大）
■ 楽天
1巡目 藤平尚真（投手 / 横浜高）
2巡目 池田隆英（投手 / 創価大）
3巡目 田中和基（外野手 / 立教大）
4巡目 菅原 秀（投手 / 大阪体育大）
5巡目 森原康平（投手 / 新日鉄住金広畑）
6巡目 鶴田圭祐（投手 / 帝京大）※準硬式
7巡目 野元浩輝（投手 / 佐世保工業高）
8巡目 石原彪（捕手 / 京都翔英高）
9巡目 高梨雄平（投手 / JX－ENEOS）
10巡目 西口直人（投手 / 甲賀健康医療専門学校）
＜育成枠＞
1巡目 千葉耕太（投手 / 花巻東高）
2巡目 南 要輔（内野手 / 明星大）
3巡目 向谷巧巳（内野手 / 兵庫ブルーサンダース）
4巡目 木村敏靖（投手 / 履正社医療専門）
■ オリックス
1巡目 山岡泰輔（投手 / 東京ガス）
2巡目 黒木優太（投手 / 立正大）
3巡目 岡崎大輔（内野手 / 花咲徳栄高）
4巡目 山本由伸（投手 / 都城高）
5巡目 小林慶祐（投手 / 日本生命）
6巡目 山崎颯一郎（投手 / 敦賀気比）
7巡目 飯田大祐（捕手 / Honda鈴鹿）
8巡目 沢田圭佑（投手 / 立教大）
9巡目 根本 薫（外野手 / 霞ケ浦高）
＜育成枠＞
1巡目 張奕（外野手 / 日本経済大）
2巡目 榊原翼（投手 / 浦和学院高）
3巡目 神戸文也（投手 / 立正大）
4巡目 坂本一将（内野手 / 石川ミリオンスターズ）
5巡目 中道勝士（捕手 / 明治大）
■ 広島
1巡目 加藤拓也（投手 / 慶応大）
1巡目外れ 田中正義（投手 / 創価大）
1巡目外れ 佐々木千隼（投手 / 桜美林大）
2巡目 高橋昂也（投手 / 花咲徳栄）
3巡目 床田寛樹（投手 / 中部学院大）
4巡目 坂倉将吾（捕手 / 日大三高）
5巡目 アドゥワ誠（投手 / 松山聖陵高）
6巡目 長井良太（投手 / つくば秀英）
■ 巨人
1巡目 吉川尚輝（内野手 / 中京学院大）
1巡目外れ 田中正義（投手 / 創価大）
1巡目外れ 佐々木千隼（投手 / 桜美林大）
2巡目 畠 世周（投手 / 近畿大）
3巡目 谷岡竜平（投手 / 東芝）
4巡目 池田 駿（投手 / ヤマハ）
5巡目 高田萌生（投手 / 創志学園高）
6巡目 大江竜聖（投手 / 二松学舎大付高）
7巡目 リャオ・レンレイ（投手 / 岡山共生高卒）
＜育成枠＞
1巡目 高井俊（投手 / 新潟アルビレックス）
2巡目 加藤脩平（投手 / 磐田東高）
3巡目 山川和大（投手 / 兵庫ブルーサンダース）
4巡目 坂本工宜（投手 / 関西学院大）※準硬式
5巡目 松原聖弥（外野手 / 明星大）
6巡目 高山竜太朗（捕手 / 九州産業大）
7巡目 堀岡隼人（投手 / 青森山田高）
8巡目 松沢裕介（外野手 / 香川オリーブガイナーズ）
■ DeNA
1巡目 浜口遥大（投手 / 神奈川大）
1巡目外れ 柳裕也（投手 / 明治大）
1巡目外れ 佐々木千隼（投手 / 桜美林大）
2巡目 水野滉也（投手 / 東海大学北海道）
3巡目 松尾大河（内野手 / 秀岳館高）
4巡目 京山将弥（投手 / 近江高）
5巡目 細川成也（投手 / 明秀日立高）
6巡目 尾仲祐哉（投手 / 広島経済大）
7巡目 狩野行寿（内野手 / 平成国際大）
8巡目 進藤拓也（投手 / JR東日本）
9巡目 佐野恵太（内野手 / 明治大）
＜育成枠＞
1巡目 笠井崇正（投手 / 信濃グランセローズ）
■ 阪神
1巡目 大山悠輔（内野手 / 白鴎大）
2巡目 小野泰己（投手 / 富士大）
3巡目 才木浩人（投手 / 須磨翔風高）
4巡目 浜地真澄（投手 / 福岡大大濠高）
5巡目 糸原健斗（内野手 / JX－ENEOS）
6巡目 福永春吾（投手 / 徳島インディゴソックス）
7巡目 長坂拳弥（捕手 / 東北福祉大）
8巡目 藤谷洸介（投手 / パナソニック）
■ ヤクルト
1巡目 寺島成輝（投手 / 履正社高）
2巡目 星 知弥（投手 / 明治大）
3巡目 梅野雄吾（投手 / 九産大九産高）
4巡目 中尾 輝（投手 / 名古屋経済大）
5巡目 古賀優大（捕手 / 明徳義塾高）
6巡目 菊沢竜佑（投手 / 相双テック）※軟式野球
＜育成枠＞
1巡目 大村孟（捕手 / 石川ミリオンスターズ）
■ 中日
1巡目 柳裕也（投手 / 明治大）
2巡目 京田陽太（内野手 / 日本大）
3巡目 石垣雅海（内野手 / 酒田南高）
4巡目 笠原祥太郎（投手 / 新潟医療福祉大）
5巡目 藤嶋健人（投手 / 東邦高）
6巡目 丸山泰資（投手 / 東海大）
＜育成枠＞
1巡目 木下雄介（投手 / 徳島インディゴソックス）
今ドラフト最大の目玉・田中正義（創価大）はロッテ、巨人、ソフトバンク、日本ハム、広島5球団の球団競合の末、ソフトバンクが交渉権を獲得。柳裕也（明治大）は中日とDeNAの2球団の抽選の末、中日が交渉権を得た。
また、外れ1位の再入札で佐々木千隼（桜美林大）は5球団が競合し、ロッテの山室晋也球団社長がクジを引き当てた。今井達也（作新学院高）は西武、山岡泰輔（東京ガス）はオリックスが単独指名した。
ドラフト全指名選手は以下の通り。
【ドラフト全指名選手一覧】
■ 日本ハム
1巡目 堀瑞輝（投手 / 広島新庄）
―1巡目外れ 田中正義（投手 / 創価大）
―1巡目外れ 佐々木千隼（投手 / 桜美林大）
2巡目 石井一成（内野手 / 早稲田大）
3巡目 高良一輝（投手 / 九州産業大）
4巡目 森山恵佑（外野手 / 専修大）
5巡目 高山優希（投手 / 大阪桐蔭高）
6巡目 山口裕次郎（投手 / 履正社高）
7巡目 郡 拓也（捕手 / 帝京高）
8巡目 玉井大翔（投手 / 新日鉄住金かずさマジック）
9巡目 今井順之助（内野手 / 中京高）
■ ソフトバンク
1巡目 田中正義（投手 / 創価大）
2巡目 古谷優人（投手 / 江陵高）
3巡目 九鬼隆平（捕手 / 秀岳館高）
4巡目 三森大貴（内野手 / 青森山田高）
＜育成枠＞
1巡目 大本将吾（外野手 / 帝京五高）
2巡目 長谷川宙輝（投手 / 聖徳学園高）
3巡目 田城飛翔（外野手 / 八戸学院光星高）
4巡目 森山孔介（内野手 / 藤沢翔陵高）
5巡目 清水陸哉（外野手 / 京都国際高）
6巡目 松本龍憲（内野手 / 崇徳高）
■ ロッテ
1巡目 佐々木千隼（投手 / 桜美林大）
1巡目外れ 田中正義（投手 / 創価大）
2巡目 酒居知史（投手 / 大阪ガス）
3巡目 島 孝明（投手 / 東海大市原望洋高）
4巡目 土肥星也（投手 / 大阪ガス）
5巡目 有吉優樹（投手 / 九州三菱自動車）
6巡目 種市篤暉（投手 / 八戸大一高）
7巡目 宗接唯人（捕手 / 亜細亜大）
＜育成枠＞
1巡目 安江嘉純（投手 / 石川ミリオンスターズ）
2巡目 菅原祥太（外野手 / 日本ウェルネススポーツ大）
■ 西武
1巡目 今井達也（投手 / 作新学院高）
2巡目 中塚駿太（投手 / 白鴎大）
3巡目 源田壮亮（内野手 / トヨタ自動車）
4巡目 鈴木将平（外野手 / 静岡高）
5巡目 平井克典（投手 / Honda鈴鹿）
6巡目 田村伊知郎（投手 / 立教大）
■ 楽天
1巡目 藤平尚真（投手 / 横浜高）
2巡目 池田隆英（投手 / 創価大）
3巡目 田中和基（外野手 / 立教大）
4巡目 菅原 秀（投手 / 大阪体育大）
5巡目 森原康平（投手 / 新日鉄住金広畑）
6巡目 鶴田圭祐（投手 / 帝京大）※準硬式
7巡目 野元浩輝（投手 / 佐世保工業高）
8巡目 石原彪（捕手 / 京都翔英高）
9巡目 高梨雄平（投手 / JX－ENEOS）
10巡目 西口直人（投手 / 甲賀健康医療専門学校）
＜育成枠＞
1巡目 千葉耕太（投手 / 花巻東高）
2巡目 南 要輔（内野手 / 明星大）
3巡目 向谷巧巳（内野手 / 兵庫ブルーサンダース）
4巡目 木村敏靖（投手 / 履正社医療専門）
■ オリックス
1巡目 山岡泰輔（投手 / 東京ガス）
2巡目 黒木優太（投手 / 立正大）
3巡目 岡崎大輔（内野手 / 花咲徳栄高）
4巡目 山本由伸（投手 / 都城高）
5巡目 小林慶祐（投手 / 日本生命）
6巡目 山崎颯一郎（投手 / 敦賀気比）
7巡目 飯田大祐（捕手 / Honda鈴鹿）
8巡目 沢田圭佑（投手 / 立教大）
9巡目 根本 薫（外野手 / 霞ケ浦高）
＜育成枠＞
1巡目 張奕（外野手 / 日本経済大）
2巡目 榊原翼（投手 / 浦和学院高）
3巡目 神戸文也（投手 / 立正大）
4巡目 坂本一将（内野手 / 石川ミリオンスターズ）
5巡目 中道勝士（捕手 / 明治大）
■ 広島
1巡目 加藤拓也（投手 / 慶応大）
1巡目外れ 田中正義（投手 / 創価大）
1巡目外れ 佐々木千隼（投手 / 桜美林大）
2巡目 高橋昂也（投手 / 花咲徳栄）
3巡目 床田寛樹（投手 / 中部学院大）
4巡目 坂倉将吾（捕手 / 日大三高）
5巡目 アドゥワ誠（投手 / 松山聖陵高）
6巡目 長井良太（投手 / つくば秀英）
■ 巨人
1巡目 吉川尚輝（内野手 / 中京学院大）
1巡目外れ 田中正義（投手 / 創価大）
1巡目外れ 佐々木千隼（投手 / 桜美林大）
2巡目 畠 世周（投手 / 近畿大）
3巡目 谷岡竜平（投手 / 東芝）
4巡目 池田 駿（投手 / ヤマハ）
5巡目 高田萌生（投手 / 創志学園高）
6巡目 大江竜聖（投手 / 二松学舎大付高）
7巡目 リャオ・レンレイ（投手 / 岡山共生高卒）
＜育成枠＞
1巡目 高井俊（投手 / 新潟アルビレックス）
2巡目 加藤脩平（投手 / 磐田東高）
3巡目 山川和大（投手 / 兵庫ブルーサンダース）
4巡目 坂本工宜（投手 / 関西学院大）※準硬式
5巡目 松原聖弥（外野手 / 明星大）
6巡目 高山竜太朗（捕手 / 九州産業大）
7巡目 堀岡隼人（投手 / 青森山田高）
8巡目 松沢裕介（外野手 / 香川オリーブガイナーズ）
■ DeNA
1巡目 浜口遥大（投手 / 神奈川大）
1巡目外れ 柳裕也（投手 / 明治大）
1巡目外れ 佐々木千隼（投手 / 桜美林大）
2巡目 水野滉也（投手 / 東海大学北海道）
3巡目 松尾大河（内野手 / 秀岳館高）
4巡目 京山将弥（投手 / 近江高）
5巡目 細川成也（投手 / 明秀日立高）
6巡目 尾仲祐哉（投手 / 広島経済大）
7巡目 狩野行寿（内野手 / 平成国際大）
8巡目 進藤拓也（投手 / JR東日本）
9巡目 佐野恵太（内野手 / 明治大）
＜育成枠＞
1巡目 笠井崇正（投手 / 信濃グランセローズ）
■ 阪神
1巡目 大山悠輔（内野手 / 白鴎大）
2巡目 小野泰己（投手 / 富士大）
3巡目 才木浩人（投手 / 須磨翔風高）
4巡目 浜地真澄（投手 / 福岡大大濠高）
5巡目 糸原健斗（内野手 / JX－ENEOS）
6巡目 福永春吾（投手 / 徳島インディゴソックス）
7巡目 長坂拳弥（捕手 / 東北福祉大）
8巡目 藤谷洸介（投手 / パナソニック）
■ ヤクルト
1巡目 寺島成輝（投手 / 履正社高）
2巡目 星 知弥（投手 / 明治大）
3巡目 梅野雄吾（投手 / 九産大九産高）
4巡目 中尾 輝（投手 / 名古屋経済大）
5巡目 古賀優大（捕手 / 明徳義塾高）
6巡目 菊沢竜佑（投手 / 相双テック）※軟式野球
＜育成枠＞
1巡目 大村孟（捕手 / 石川ミリオンスターズ）
■ 中日
1巡目 柳裕也（投手 / 明治大）
2巡目 京田陽太（内野手 / 日本大）
3巡目 石垣雅海（内野手 / 酒田南高）
4巡目 笠原祥太郎（投手 / 新潟医療福祉大）
5巡目 藤嶋健人（投手 / 東邦高）
6巡目 丸山泰資（投手 / 東海大）
＜育成枠＞
1巡目 木下雄介（投手 / 徳島インディゴソックス）
